2013年11月12日，菲律宾海岸警卫队（PCG）向Fairplay证实，台风“海燕”在菲律宾造成了至少两名船员死亡，六名船员失踪。

2013年11月8日，489gt杂货船“Andrea Princess”号侧倾，漂流至菲律宾东部萨马岛博龙岸市海域并搁浅。

PCG补充道，该船舶上22名人员中已有13人获救，还有一人至今处于危险状态。据IHS海事网站称，该船舶属于“Unilink Shipping”公司并由其运营。

台风“海燕”以持续风力320公里∕小时（199英里∕小时）的速度在菲律宾中部已造成约10,000人死亡，超过300,000人流离失所。

PCG指出，“海燕”所经菲律宾中部已经造成了十几起海上事故。在这其中，还有一些更为严重的事故，包括在菲律宾中部宿务岛曼达维市附近海域被巨浪吞没的“Super Shuttle Ferry 17”号客轮。

同样，151gt杂货船“Lady of Good Success”号在菲律宾东部莱特岛的伊莎贝尔港口沉没。

此外，660teu“Schelde Trader”号集装箱船在宿务岛塔莉莎附近的糟糕海况下艰难航行；位于宿务省曼达维市的卡加延湾(Cagayan Bay)和奥萨米斯湾(Osamis Bay)被逐出泊位。