尽管2006年海事劳工公约已经生效，但公约并没有解决包括海员被遗弃国外等几个疑难问题。当发生海员被遗弃时，我国政府如何利用2006年海事劳工公约顺利遣返船员是一个实际问题。目前，很多实施开放登记制度的船旗国加入了2006年海事劳工公约，公约的生效为处理在方便旗船上工作的我国船员的遣返问题提供了依据。公约的遣返部分（规则2.5）规定，各成员国应确保悬挂其旗帜船舶上的海员在几种情况下有权得到遣返。案例显示，当船员被遗弃国外时，如果符合公约设定的情况，政府可以安排遣返，并有公约的依据从船东处或船员外派机构追回垫付的遣返费用。