理事会是IMO的执行机构，在大会的领导下负责监督IMO工作计划的实施。在两届大会期间，理事会代行大会的所有职能，只有向成员国政府提出海上安全和防止污染建议的职能仍由大会行使。

IMO大会选举了下列国家作为其2020-2021两届理事会成员：

（a）10个为在提供国际航运服务方面有最大利害关系的国家：

中国，希腊，意大利，日本，挪威，巴拿马，韩国，俄罗斯，英国，美国。

（b）10个为在国际海上贸易方面有最大利害关系的国家：

阿根廷，澳大利亚，巴西，加拿大，法国，德国，印度，荷兰，西班牙和阿拉伯联合酋长国。

（c）20个不是根据上述（a）或（b）选出的，在海上运输或航行方面有特殊利害关系的国家，选它们进理事会将保证世界所有主要地理地区有代表参加：

巴哈马，比利时，智利，塞浦路斯，丹麦，埃及，印度尼西亚，牙买加，肯尼亚，科威特，马来西亚，马耳他，墨西哥，摩洛哥，秘鲁，菲律宾，新加坡，南非，泰国和土耳其。