STCW公约马尼拉修正案已于2012年1月1日生效。修正案总体上设定了为期5年的过渡期，但考虑到当前海盗活动猖獗的现状，修正案对海员保安培训及发证实施了加快过渡的安排。

对于2012年1月1日之前开始了海上服务的海员，缔约国可以“符合要求海上服务资历”换“培训经历”的做法，在2014年1月1日之前，完成这部分人的保安（保安意识及负有指定保安责任）发证。

对于2012年1月1日之后开始了海上服务的海员，缔约国需要求其参加培训，并在2014年1月1日之前，使其全部持有保安两证。

2014年1月1日之后，PSC开始检查海员持有的保安两证，在此之前，海员如不持有保安两证，需要按照ISPS规则的规定提供参加了训练的证明。

具体过渡安排见MSC89通函（STCW通函7第16号、第17号）。